Rohelise kooli programmis osalemise üheks oluliseks verstapostiks on rahvusvaheliselt tuntud ja tunnustatud keskkonnamärgise "Roheline lipp" taotlemine. See antakse välja haridusasutustele, kes on järginud programmi 7-sammulist strateegiat, sh viinud läbi keskkonnaülevaatuse, koostanud tegevuskava ja viinud selle ka ellu ning pannud paika oma keskkonnapõhimõtted. Ja neid põhimõtteid järgitakse nii õppetöös, maja haldamisel kui kogu tegevuse korraldamisel ning lisaks lastele ja õpetajatele on keskkonnategevustesse kaasatud kõik haridusasutuse töötajad ja ka lapsevanemad. Rohelist lippu saavad taotleda haridusasutused, kes on osalenud programmis vähemalt ühe õppeaasta.

Rohelise lipu taotlemine toimub iga aasta kevadel, täpne kuupäev ja uuendatud kriteeriumid tehakse teatavaks jooksvalt kodulehel.

Lipp omistatakse kaheks aastaks. Lipu saamisele järgneval aastal on kohustus jätkata tegevuskavas toodud tegevusi, viia läbi uus keskkonnaülevaatus ning kevadel esitada vahearuanne (täpne tähtaeg tehakse teatavaks kalendriaasta alguses). Ülejärgmisel õppeaastal esitatakse uuesti keskkonnamärgise "Roheline lipp" taotlus.

Rohelipu omanikke saab vaadata programmis osalevate õppeasutuste kaardilt SIIN.