Aegna loodusmaja pakub võimalust osaleda loodus- ja keskkonnahariduslikes õppekavakohastes programmides ja looduslaagrites. Õppepäeval keskendutakse peamiselt looduse vahetule kogemisele (õppekäik metsas ja mere ääres) ning praktilistele tegevustele. Õppepäeva jooksul tehakse lihtsamaid loodusvaatlusi ning viiakse läbi uurimuslikke tegevusi.
Programmid on mõeldud nii alg-, põhikooli kui ka gümnaasiumi õpilastele.
Tallinna õpilastele on loodusmaja teenuste kasutamine tasuta.
Hooaeg loodusmajas kestab 1. maist kuni 30. septembrini.
Aegna loodusmaja õppeprogrammide ja teenuste broneerimine toimub Tallinna Keskkonna- ja Kommunaalameti veebilehe kaudu alates 15. märtsist.