Alates 2008. aastast pakub Aegna Loodusmaja loodushuvilistele õppekava toetavat loodusõpet. Mai algusest kuni sügiseni kestva hooaja jooksul korraldatakse Tallinna Keskkonna- ja Kommunaalameti juhtimisel Tallinna üldhariduskoolidele ja teistele loodushuvilistele õpperetki, praktilist õuesõpet, looduslaagreid, õpetajate täienduskoolitusi, suvekoole, seminare. Aegna loodusmaja pakub loodus- ja keskkonnahariduslikke õppekavakohaseid programme algkooli, põhikooli ja gümnaasiumi tasemele. Aegna loodusmaja õppeprogrammide ja teenuste broneerimine toimub Tallinna Keskkonna- ja Kommunaalameti veebilehe kaudu.

Aegna saare looduse mitmekesisust ja liigirikkust kirjeldab 2014. aastal ilmunud brošüür "Teejuht Aegna loodusesse" (eesti keeles) ja 2015. aastal ilmunud samanimeline rohkete piltidega illustreeritud raamat, "Teejuht Aegna loodusesse" (eesti, inglise ja vene keeles).

Tallinna põnevamaid rohealasid ja loodusväärtusi linnakeskkonnas, sh Aegna saarel tutvustab veebiportaal citynature.eu.