Eesti Ornitoloogiaühingu eesmärk on Eesti linnustiku kaitse, uurimine ja tutvustamine.

Ühing teeb seireid ja rakendusuuringuid, aitab kaasa lindude uurimisele ja linnustiku mitmekesisuse säilitamisele, annab konsultatsioone ja koostab eksperthinnanguid. Ornitoloogiaühing korraldab ka linnuvaatlusi, loodusõhtuid ja muid avalikke üritusi, annab välja trükiseid ja juhendeid ning pakub kõigile huvilistele õppeprogramme ja koolitusi.

Ühingusse kuulub 600 liiget, kelle seas on nii linnusõpru kui ka kutselisi ornitolooge.

Eesti Ornitoloogiaühing on Eesti Keskkonnaühenduste Koja liige ning linnukaitseühenduse BirdLife International liige ja ametlik partner.